Στη κλινική αρωματοθεραπεία η κύρια μορφή εφαρμογής είναι η εσωτερική λήψη των αιθέριων ελαίων (ασκείται μόνο από εξειδικευμένους γιατρούς), οι εισπνοές, τα επιθέματα τοπικά, τα λουτρά κλπ. ενώ στην ολιστική αρωματοθεραπεία η εφαρμογή των αιθέριων ελαίων γίνεται κατά κύριο λόγο μέσω της μάλαξης του σώματος ενώ οι άλλες μέθοδοι χρησιμοποιούνται συμπληρωματικά.
Το μασάζ στην αρωματοθεραπεία είναι εξ ίσου σημαντικό με την επιλογή των αιθέριων ελαίων και την παρασκευή του μείγματος. Πέρα από το γεγονός ότι βοηθάει στην ταχεία απορρόφηση των αιθέριων ελαίων από το δέρμα και την είσοδό τους στην κυκλοφορία του αίματος, προσφέρει χαλάρωση, που είναι απαραίτητη συνθήκη για να αρχίσει στον οργανισμό μια διαδικασία αυτοθεραπείας.
Τα χέρια γίνονται όργανα άμεσης επικοινωνίας μεταξύ του δότη και του δέκτη, μία επικοινωνία που δεν περιορίζεται στο σωματικό επίπεδο αλλά μπορεί να επεκταθεί και στα πιο λεπτοφυή ψυχοσυναισθηματικά πεδία. Όταν συνδυάζεται η μάλαξη με την συμπυκνωμένη αλλά και εκλεπτυσμένη ουσία των φυτών -που είναι τα αιθέρια έλαια- τα αποτελέσματα είναι συχνά θεαματικά, επιφέροντας κατ’ αρχήν μεγάλη ανακούφιση και στη συνέχεια, μέσω της εξισορρόπησης του οργανισμού, την αυτοθεραπεία.